那是一个很久远、很久远，甚至连宝贝球都还没发明的时代，在那个时期，不同阵营的人类将神奇宝贝当作战争兵器，不断地相互争斗着。
当时曾有过一场大规模的战争，斗争发生的地点位于一座名为欧鲁德朗城的城堡附近，只要战争一发动，位于战乱中心的王城势必会陷入混乱之中，最后导致亡国。
为了化解这场争斗，隶属王城的骑士——亚朗，乘坐着比雕飞往邻近欧鲁德朗城的神祕岩山，传言梦幻就住在那座名为「世界初始之树」的岩山深处。
在两方军队发生衝突的剎那，世界初始之树发出了翠绿的耀眼光辉，光芒使得所有人与所有神奇宝贝停下了战斗，化解了战争，并且解救了欧鲁德朗城。
王城的女王琳恩始终深信着，是亚朗运用世界初始之树的力量，化解了地面上的憎恨与愤怒，神奇宝贝们各自回到了原来的住所，然后大地又再次恢復了和平。